Biopaliva nemohou absolutně nahradit fosilní paliva, protože jejich kapacita je nedostatečná a má horní limitu, vzdálenou od potřeb kvantit motorových paliv. Mohou však do určité míry substituovat fosilní paliva, jak se již děje. V našich podmínkách lze spíše očekávat, že závazky vůči EU budou v oboru biopaliv plněny bionaftou, jako palivem 1.generace, i když to je špatné, neetické řešení.
Paliva 2. generace jsou nadějná, je jim třeba věnovat výzkumné aktivity, ale v dohledné době 10 až 20 let nedosáhnou průmyslové aplikace v kapacitách, srovnatelných s palivy 1.generace. Určité možnosti jsou v konverzi lignocelulózových materiálů na etanol, resp. butanol, bude-li dostatečná kapacita těchto surovin a vhodný koktejl vysoce účinných mikroorganizmů, resp. enzymů. V současnosti se zdá, že lesní odpadní dendromasa bude pro účely např. výroby paliv 2. generace biohemicky spíše prohibitivní, bude-li nadále využívaná pouze ke spalování.
Stejný problém budeme řešit s kapacitou biomasy pro výrobu syntézního plynu, což je teoreticky technicky řešitelné v relativně blízké budoucnosti. Následná produkce paliva 2.generace Fischer-Tropschovou reakcí nebude pro malé výrobny ekonomická. Výroba biopaliv z mikrořas v heterotrofních bioreaktorech je slibná, ale vyžaduje namísto odpadního CO2 využívat zdroj uhlíku, jako byly tradičně cukry z potravinářských rostlin, což by bylo v konfliktu se zásadami pro biopaliva 2.generace. Slibná možnost je využívat jako substrát-zdroj uhlíku odpadní glycerol z transesterifikace. Znamená to tedy zvážit poměr výroby biopaliv 2. generace a výroby methylestéru jako paliva 1.generace z potravinářských zdrojů, která glycerol poskytuje a hledat další suroviny na bázi biomasy, např. jako substráty pro kultivace nových typů řas s vysokým obsahem lipidů (pro bionaftu) nebo škrobu (pro bietanol a biobutanol).
Velmi zajímavou možností je termochemické ošetření rostlinných olejů, při kterém lze získat velmi kvalitní palivo, blízké svými parametry leteckým palivům (nelze to ovšem kvalifikovat jako palivo 2. generace, protože se využívá rostlinných olejů, které mohou být potravinou).
Slibnou další možností je využití rychle rostoucích dřevin a rostlin. Při produkci této biomasy nad 15 t/ha a obmýtné době 3 roky, je možno získat lignocelulózovou surovinu, vhodnou pro výrobu paliv 2.generace, protože neobdělávané plochy volné půdy jsou u nás zatím dostatečné.
Zkušenosti ukazují na návratnost investic během cca 6 let, v případě, že se tato biomasa využívá pro spalování. Bude to opět znamenat vypěstování ještě vhodnějších vyšších rostlin, než jsou zatím obvykle dostupné (kterými jsou topol, vrba, topinambur, miskantus, např.), zřejmě za aplikace genetického inženýrství. U těchto energetických plodin bude mj. možno významně využívat přednosti biorafinace, tj. např. extrakcí získat žádané bioaktivní látky, polyméry, vosky, apod., a poté zbylou biomasu zhodnotit jako nosič energie (pro spálení, anaerobní fermentací na bioalkoholy, apod.). Významnou možností je např. získání biopolymérů přímo v rostlině na základě genetického inženýrství, přičemž po jejich extrakci se rostlina využije energeticky.
Pokud jde o budoucí energetické využívání biomasy v ČR, podle našich dosavadních zkušeností a získaným poznatků, včetně rešerší publikovaných údajů, bude biomasa tvořit v blízkém budoucnu jeden z velmi omezených, ale současně i hodnotných příspěvků v energetickém mixu, tj. při racionálním využívání uhlí a zřejmě i rozvoje jaderné energetiky, jak to ostatně vyplývá i ze závěrů tzv. Pačesovy komise, která též počítá se stoupajícím přínosem biomasy, a zřejmě bude pokračovat i užívání zemního plynu, pravděpodobně i americké provenience.
Podle disponibilních zdrojů biomasy a stavu techniky u nás se nezdá, že by podíl biomasy např. v substituci biopaliv, mohl příliš překročit v budoucnu hranici kolem 10%. Je třeba též řešit problém dostatku dendromasy při jejím energetickém využití, který se zdá podle dostupných informací spíše omezený. Tábory odborníků, publikující názory, že odpadní dřevní biomasy je dostatek, i že jí bude alarmující nedostatek, jsou však na obou stranách početné.
Zdá se však zřejmé, že využívání biomasy (včetně rychle rostoucích dřevin) by mělo nalézt zejména významné energetické uplatnění u malých spotřebitelů, zejména venkovských, jako tuhé palivo, kdy může substituovat fosilní zdroje: dovozová vzdálenost příliš nezatíží jeho cenu a při dostatku vhodných kotlů a kamen jeho spalování může být ekologické. Toto užití by mělo být podporováno.
Určitě bude však nepochybně velmi významné získávat z biomasy cenné chemické produkty s vysokou přidanou hodnotou a konkurovat tak na zahraničních trzích.