Umožní to mj. i efektivní výrobu biolihu 2. generace z lignocelulózových zbytků s vysokými výtěžky, kterých nebylo doposud dosahováno, nebo jen v laboratořích. Chemické inženýrství pak umožní novými separačními procesy, založenými zejména na membránových technikách, na užití mikrovln a ultrazvuku, elektroporace, vysokofrekvenční kavitace, a pod., rozrušovat biomateriály pro hydrolýzu a následnou fermentaci hydrolyzátů a zejména takové fermentační procesy zefektivnit aplikací nových kmenů mikroorganizmů, enzymů a nových separačních technik.
Při aplikaci moderních biorafinačních postupů, které se formulovaly teprve nedávno, dochází k jedinečné vědecké příležitosti v ČR, zaujmout rychle významné zapojení do světové badatelské úrovně v této oblasti. Biorafinace, na rozdíl od rafinačních a výrobních postupů v petrochemii, bude jako nezbytnou nutnost využívat přednostně znalosti biochemie, mikrobiologie a molekulární genetiky.
Posunuje se tak oblast tradičních postupů chemicko-technologických na nesrovnatelně vyšší úroveň.
Příkladem může být výroba biopaliv 2. generace (bionafty) z mikrořas. Při srovnání produkce oleje na bázi řepky a z mikrořas, vychází toto srovnání jednoznačně pozitivně pro kmeny mikrořas, vypěstované jako nositelů vysokých koncentrací lipidů. Při produkci 3 tun řepkového semene / ha, s obsahem 40% oleje, získáme 1,2 t oleje/ha. Při autotrofní produkci řas, obsahující olej (vycházíme z průměrných údajů o produktivitě 20 g sušiny řas/den/m2 a s obsahem oleje 30%), dosáhneme za 150 dnů produkce (což je možná doba produkce řas v klimatických podmínkách ČR v autotrofních podmínkách otevřených fotobioreaktorů) výtěžku oleje 9 tun (ovšem za mnohem vyšších, zejména investičních nákladů). Cílená bioprospekce a selekce řasových kmenů, a produkce rychle rostoucích kmenů s vysokým obsahem řas za užití znalostí molekulární genetiky a genového inženýrství, dovolí tuto produkci významně zvýšit a přispět i ke kompenzaci nepříznivých investičních nákladů.
Moderní metody heterotrofních kultivací řas (obdobné technikám známým pro aerobní fermentace) pak umožní nejen dále zvýšit produkce biopaliva, ale bez nutnosti užití enormních kultivačních ploch, jak je tomu u otevřených fotobioreaktorů.
Je to jeden z mála dnes známých postupů, který by mohl zajistit zajímavá množství biopaliv 2. generace, přidávaných k fosilním palivům.
Druhou takovou technologií je výroba alkoholů (etanol, butanol) z lignocelulózových odpadů. Za použití nově vyvíjených kmenů mikroorganizmů a enzymů je nutno zkvalitnit hydrolytické procesy separace celulózy a hemicelulózy od ligninu, zvýšit účinnost sacharifikace a současné fermentace zapojením účinnějších typů mikroorganizmů utilizujících jak hexózy, tak pentózy a zefektivnit separaci biopaliv (etanol butanol) jako biopaliv 2.generace.