V modelovém případě absolutního nedostatku fosilních paliv jsme mimo jiné vycházeli z předpokladu, že transportní paliva pro pozemní a lodní dopravu je možno řešit kromě biopaliv i jinými alternativními zdroji nebiologického původu (el. baterie, nukleární pohon), nicméně jediným alterntivním zdrojem paliva pro leteckou dopravu by v takovém přípdě byla biopaliva. V současné době již řada leteckých společností ve světě (např. Boeing) se tímto propblémem již intenzivně zabývá, nejenom teoreticky.
Aplikaci biopaliv je tedy nutno posuzovat realisticky: nemohou nahradit fosilní paliva, ale je zde značný prostor vědy a techniky, aby byly byly nalezeny v reálném čase do cca 10 –20 let takové podmínky, umožňující dosažení cenových relací těchto inovovaných biopaliv, blízkých cenám fosilních paliv v té době, aby je mohly parciálně substituovat za minimálních státních dotací.
Vědecký výzkum by měl respektovat biorafinančí principy a být jejich součástí: úsilí vědců získávat nové mikroorganizmy, enzymy, rostlinné kultivary, vyvíjet nové seprační techniky a reaktory pro získávání produktů s vysokou užitnou hodnotou vyústí s vysokou pravděpodobností i do směrů, využitelných pro získání nových typů biopaliv.
Současně je nutno připustit, že v té době mohou být vyvinuty a aplikovány i jiné technologie, substituující motorová paliva.
V odborných kruzích energetiků se lze setkat též s negativním názorem na biopliva. Řešíme tedy zásadní otázku: je paradigma „biopaliv“ slepou uličkou v problematice motorových paliv?
Kapacitně přeci nemohou biopaliva nahradit fosilní (výkonem spíše ano) a vyžadují státní dotace. Jak dalece se tedy společnosti „vyplatí“ naplňování zmíněných rolí biopaliv? Jestliže bereme zástupnou roli biopaliv jen jako pojistku „předběžné opatrnosti“, která zřejmě nebude v dohledné době (například v příštích 20-30 letech) naplněna, pak je nezbytně nutné kvantifikovat jejich ekologickou roli a srovnat výsledek s náklady společností vydávané na dotační podpory biopaliv, i když víme, že míra jejich zastupitelnosti je v současnosti omezená, a je vyžadovaná usneseními a závazky do objemů cca 10-15%.
Většina odborné společnosti se dnes přiklání k názoru, že přídavek biopaliv (včetně biopaliv 1. i 2. generace) k fosilním palivům sníží množství oxidu uhličitého emitovaného do atmosféry, což je pro společnost užitečné.
I když by bylo smysluplné objektivně vědecky potvrdit, že aplikace biopaliv je obecně environmentálním bonusem (např. užitím Metody posuzování životního cyklu (Life Cycle Assessment), též pokud jde např. o posouzení i negativních vlivů na životní prostředí používáním přemíry hnojiv z fosilních zdrojů, vyčerpávání půdy, následky zabírání zemědělské půdy, apod.), je taková kvantifikace obtížná, bude vyžadovat dalších objektivních studií a musíme zřejmě tuto ekologickou roli biopaliv ze společenských důvodů respektovat, pokud by to nebylo dalším vědeckým zkoumáním vyvráceno. Pozornost by tedy měla být zaměřena na biopaliva 2. generace, jejichž společenská užitečnost by měly být vyšší, než u paliv 1.genearce.